Nagroda prof. Stefana Pieńkowskiego 2004
Zajmuje się zastosowaniami optyki w medycynie. Główną tematyką badań naukowych prowadzonych przez dr Wojtkowskiego jest tomografia optyczna z użyciem światła częściowo spójnego (ang. Optical Coherence Tomography, skr. OCT). Swoją pracą dr Wojtkowski wniósł znaczący wkład w rozwój metody spektralnej tomografii optycznej OCT (SOCT). Wraz z kolegami z Zespołu Fizyki Medycznej UMK w Toruniu skonstruował on pierwsze na świecie urządzenie do przyżyciowego obrazowania siatkówki ludzkiej za pomocą SOCT. Zastosowanie tej techniki umożliwiło osiągnięcie najkrótszych na świecie czasów ekspozycji i jednocześnie pozwoliło udowodnić wyższość techniki spektralnej OCT nad standardową – czasową tomografią optyczną OCT.
Pionierskie prace dr Wojtkowskiego umożliwiły konstrukcję urządzenia klinicznego do pomiarów siatkówki i komory przedniej oka ludzkiego, którego prototyp używany jest w klinice okulistycznej Collegium Medicum UMK w Bydgoszczy pod opieką prof. Józefa Kałużnego.